Az 1950 évek diktatúrája az ország egészének, azon belül a magyar egészségügy számára is sok nehézséget okozott. 1951 végére az addigi fenntartó, a Filadelfia Diakonissza Alapítvány kénytelen átadni az intézményt, melynek következményeként a Bethesda-kórház protestáns egyházi alkalmazottak kórházává alakult át. Az állam célszerűnek látta, hogy a különböző nagyobb felekezetek egyházi alkalmazottai számára egy-egy kórházat meghagyjon, a katolikusok, a zsidó hitközség és a protestánsok részére is egyet-egyet. Így jött létre a Protestáns Egyházi Alkalmazottak Kórházi Bizottsága, amelynek elnöke az akkori református egyházi vezetés bizalmi embere, Dr. Finta István (1915-1991) lett.

1953-ban mégis sor került a Bethesda államosítására, annak ellenére, hogy a Nagy Imre-kormány ekkor már leállította az államosításokat. A kórház Apáthy István nevét az 1960-as évek elején vette fel. Ezen intézményi keretek között 1992. június 30-ig folyt a lelkiismeretes gyógyítás.

A Bethesda 1992-től napjainkig

A rendszerváltás idején nyílt lehetőség arra, hogy a Magyarországi Református Egyház visszaigényelje az egykori Bethesda épületegyüttesét. Az 1990-ben elkezdődött tárgyalások eredményeként az egyházi kórház 1992. július 1-jén indulhatott újra, fenntartva az államosítás után kialakult gyermekkórházi profilt. Ekkor nevezték ki főigazgatónak Dizseri Tamás (1949-2003) gyermekorvost, aki sokat tett az országos gyermekellátó-rendszer javításáért.
 

A főigazgató feladata volt a leromlott állapotú ingatlanok helyrehozatala és egy új lelkiség kialakítása, amelyben a gyerekek között végzett gyógyító szolgálatot áthatja a „régi" Bethesda karitatív lelkülete. A kórház főigazgatói tevékenysége mellett a magyar egészségügy egészét szolgálta. Áldozatos munkáját 2000-ben Batthyány Strattmann László–díjjal, 2001-ben, Zugló emlékéremmel és 2002-ben Széchenyi-díjjal ismerték el. A lelkiismeretes gyógyító és tevékeny szerzvező 2003 januárjában váratlanul elhunyt. Emlékére a Németajkú Református Egyházközség, a Bethesda Gyermekkórház, a Magyarországi Református Egyház Zsinata és a Dunamelléki Református Egyházkerület szeretetszolgálati díjat alapítottak, amelyet évente a diakónia területén értékeset alkotó ember részére ítélnek meg. 2008-ban nem egyetlen személy, hanem a magyar diakonisszák közössége kapta ezt az elismerést.

Dizseri Tamás halála után Velkey György, korábbi orvos-igazgató vette át az intézmény irányítását. Az elmúlt egy évtizedben számos fejlesztés valósult meg. Az országos hatókörrel működő égéssebészeti osztály mellett szinte az összes osztályt felújították, beleértve az Ilka utcai épületegyüttest. 2013-ban az egykori Kobrák-villa épületében kapott helyett a Bethesda és a Református Egységes Gyógypedagógiai Módszertani Intézmény közös korai fejlesztő részlege, a mellette lévő „kis-testvérház" épületében pedig az Anyák házát nyitották meg, kiterjesztve az eddigi gyógyító szolgálat határait.

Zugló Önkormányzata jelentős összegű támogatásával egyszerre kívánja a kerület legrégebbi épületét megmenteni és hozzájárulni a jubileum méltó megünnepléséhez. Ebben a szellemben valósult meg 2016 januárjában, a Stefánia Palotában a Samodai József Zuglói Helytörténeti Műhely nagy érdeklődéssel kísért kiállítása, „A Bethesda Kórház 150 éve". A tárlat a Dizseri-díj átadásához kapcsolódóan 2016. február 27-től április elejéig előzetes bejelentkezés alapján megtekinthető a Németajkú Református Egyházközség Hold utcai templomában.

Millisits Máté