Balogh Ferenc református családban született Nagyváradon 1836. március 30-án. Két éves volt, amikor édesapja, idősebb Balogh Ferenc szíjgyártó mester elhunyt.
Kamaszkori lelki épülésére nagymamája több évszázados református hagyományokat magába olvasztó imádságos lelkülete hatott. A nagyszülői ház szobafalát díszítő Kálvin-ábrázolásra idősebb korában is szeretettel emlékezett vissza a következő szavakkal: „Gyermekkoromban (1846) nagyanyai háznál láttam először a franczia reformátor Kálvin képét. Fekete metszetben görög oszlopok közt állott a szigorú alak, az oszlopokon lefutó szalag hordta művei czímeit. E képet azóta sehol nem találtam, eltűntek a Kálvin-képek minálunk a magánlakokból. A franczia egyház iránti rokonszenvem azon kép látásától kezdődik."
Az alap- és középiskoláit szülővárosában, Nagyváradon végezte. A Debreceni Református Kollégiumban folytatott teológiai tanulmányai után két éven át, 1863 és 1865 között külföldön tartózkodott, ahol egyháztörténeti és dogmatikai ismereteit bővítette. Ebben az időben hitéletét belsőségesebbé tevő hatások érték Londonban, valamint Edinburghban.
Debrecenbe 1865-ben tért vissza, ahol az egyháztörténeti tanszéknek egy évig ideiglenes, majd 1866-tól 1913-ig tanszékvezető tanára volt. A kollégium rendes tanárává való kinevezése alkalmából 1866. november 6-án Méliusz Juhász Péterről tartott székfoglaló előadást „Méliusz hatása" címmel. Hat évvel később Méliusz halálának 300. évfordulója alkalmából rendezett ünnepségre Balogh Ferenc nemcsak megemlékező beszéddel, hanem saját verssel is készült.
A kollégiumi hitélet erősítése érdekében 1869-ben megszervezte a Hittanszék Önképző Társulatát. Írásai számos magyar egyházi és világi hetilapban és folyóiratban jelentek meg, de ezenkívül több francia és angol nyelvű sajtótermékben is hírt adott a magyar protestantizmus életéről. A XIX. század nagy tudományos ismeretterjesztő kiadványa, a Pallas Nagylexikon számára több egyháztörténeti szócikket írt.
Balogh Ferenc egy évig a Debreceni Református Kollégium dékánja volt. A cívisváros református kollégiumának képzőművészeti alkotásokkal történő díszítését is fontosnak tartotta, főleg, ha azzal a tanulókban a hazafias érzést erősíteni lehetett. Ennek a gondolatnak a szellemében gyűjtést indított, hogy az 1882-ben Budapesten felállított bronz Petőfi Sándor-szobor öntőmintáját a debreceni intézmény falai között állítsák fel. Az egy év alatt lezajlott eredményes adakozás gyümölcseként a reformkori költő szobrát 1883. október 31-én ünnepélyes keretek között avatták fel a kollégiumi épület hátsó díszlépcsőházában.
A magyar protestantizmus számára kiemelkedő jelentőségű alkalmakon Balogh Ferenc ünnepi beszédek elmondását vállalta, többek között 1895-ben Debrecenben a gályarab-emlékoszlop felavatásán, valamint 1907-ben Hajdúböszörményben a Magyar Protestáns Irodalmi Társaság Bocskai-megemlékezésén, amelyet „Bocskai Istvánról, vallásszabadságunk hőséről" címmel tartott. Kálvin János születésének 400. és a genfi egyetem alapításának 350. évfordulóján, 1909-ben az ottani egyetem díszdoktorának választotta.
A magyar nyelvű protestáns bibliakiadás ügyét szívügyének tartotta, több népszerűsítő cikket írt a „Brit és Külföldi", valamint a Skót Bibliatársulatok áldásos és sok áldozatot vállaló XIX. századi magyarországi működéséről. Szorgalmazta, hogy hazánkban is tartsanak a magyar református egyházközségek bibliavasárnapot, amely lehetőséget biztosít, hogy prédikációkban és ünnepi beszédekben a Szentírás fontosságára felhívják a hallgatóság figyelmét.
A Budapesten 1904-ben megrendezett Biblia-ünnepélyen a Vizsolyi Biblia több évszázados küzdelmes történetét Balogh Ferenc így foglalta össze: „A Károli-Biblia 300 év alatt a tömérdek akadály daczára több mint 100 kiadást ért. 300 éves tanúja és fenntartója keleti nyelvünknek. Története egyszersmind nemzetünk szabad és rab korának is felmutatója, s örökké bizonyságot tesz, hogy a nemzet szereti a Bibliát, mert érte tömérdeket szenvedett, tömérdeket áldozott. De egyúttal fényesen igazolta azt is, hogy a maga erejére támaszkodó magyar nemzet sohasem gördített akadályt a szentkönyv elé, mert azt szabadléte palladiumának tekintette... csak külföldi nyomás és befolyás alatt görnyedő hatóságok vertek e szentkönyvre bilincseket; de az erejéhez jutott magyar szellem mindannyiszor letördelte azokat arról."
Balogh Ferenc életműve nemcsak mint pedagógus fontos a Debreceni Református Kollégium történetében, hanem mint az intézmény történetének „monográfusa" alapvető munkákkal tette az iskola történetét jobban kutathatóvá. Utolsó éveit betegségei megnehezítették, 1913. október 8-án bekövetkezett halálával a magyar egyháztörénet-írás első nagy korszaka zárult le, ám az utána következő egyháztörténész professzorok, Pokoly József (1866-1933), majd Révész Imre (1889-1967) számos tanulmánnyal és monográfiával folytatták Balogh Ferenc munkásságát.
Millisits Máté