Iskoláit szülőfalujában, a Baranya megyei Nagypeterden kezdte meg, majd Csurgón folytatta. Tanulmányai következő helyszíne Kecskemét volt, ahol teológiát is végzett, miközben egy évig Nagytótfaluban tanítóskodott. Később gimnáziumi tanár lett.

A püspök mellszobra Kunszentmiklóson

Lelkészi hivatása 1862-ben kezdődött Érsekcsanádon, amit Kunszentmiklós követett. Ebben a városban szolgált élete végéig, majd öt évtizeden keresztül. A Solti Református Egyházmegyének negyedszázadon át esperese is volt, ezt követően, 1904-ben választotta meg a Dunamelléki Református Egyházkerület püspökévé.

A Kálvin téri református templomban a püspökszentelési istentiszteleten elmondott „székfoglaló" prédikációjában, így elmélkedett: „Ő lelkipásztor, — sőt mától fogva több, mint lelkipásztor, több, de nem nagyobb, sőt munkája nagyságához mérve a maga erejét, kisebb lelkipásztor társainál, egy oly munkában, melynek küszöbén Szent Pál is rettegett, kit Isten, e szóval erősített: Elég néked az én kegyelmem. Én Istenem! Szent Pálnak elég volt: de elég lesz-é énnékem az a kegyelem? Minő mérhetetlen nagynak kell annak lenni, hogy megdicsőíthesse magát az én erőtlenségemben, melyben ide hivott el felmagasztalni, vagy idealázott megszégyenülni a te szent akaratod! Hirdetni és hirdettetni mindenfelé a Krisztusban való idvesség örömizenetét; a Duna síkjain jobb- és balfelől, a Vértes bérczeitől a Tiszáig, a kéklő Mátrától a rohanó Dráváig, és túl e folyamon, hol régi, és ma már nevökben is alig ismert egyházaink porából, új aratással biztató vetése kél az Evangéliumnak. Oh, testvéreim, ne hagyjatok magamra!" (közli: Vasárnapi Ujság 1904. 51. évfolyam 13. szám 206. old.)

Irodalmárként kiemelkedőt alkotott: regényíróként és az antik klasszikusok fordítójaként is. Számos írása jelent meg a XIX. második felének és a XX. század elejének legnépszerűbb hetilapjában, a Vasárnapi Ujságban. Irodalmi munkásságának elismeréseként a Magyar Tudományos Akadémia levelező, később rendes tagjai közé választotta. A Magyar Protestáns Irodalmi Társaságnak kezdettől fogva választmányi tagja, majd másodelnöke volt. Etnográfia érdeklődése egyaránt érintette szülőföldjének, a Dél-Dunántúlnak népi világát és felnőtt éveinek színhelyét, a Duna-Tisza közének akkor még aktívan elő hagyományait.

Baksay Sándor földi élete 1915. június 18-án Kunszentmiklóson, a szeretett városában ért véget. Nagyszámú gyászoló tömeg búcsúzott tőle a kunszentmiklósi református temetőben.

Millisits Máté