Az egyházszervezet jövőjére vonatkozó három modell közül az első az erős szövetség megvalósítását látja a követhető útnak. Ez a mai formának felel meg, illetve ennek továbbfejlesztését jelenti. A tagegyházak, azaz a kantonális egyházak e modell szerint önállóak maradnak. A másodikmodell szerint átfogó szövetségre lenne szükség, amelyben a kantonális egyházak a kantonok fölötti feladatokat rábíznák a szövetségre. Ennek megfelelően a jelenlegi területfölötti struktúrák, mint pl. a Német-Svájci Egyházi Konferencia, a Francia Protestáns Egyházak Konferenciája (Conférence des Eglises protestantes romandes), valamint a lelkészek képzésének és továbbképzésének jelenlegi szervezetei mind beleépülnének a SEK-be. A harmadik modell a legtágasabb, eszerint a SEK beépülne az EKS-be, azaz a Svájci Protestáns Egyházba. Az 50 oldalas jelentés szerint a megkérdezettek49 %-a lenne érdekelt az erős egyházszövetség létrehozásában, ez képezné a svájci protestantizmus csúcsát. A többség viszont elégedett e jelenlegi helyzettel, s a SEK feladatát legtöbben nem az egyházvezetésben, hanem az egyház társadalmi és politikai elkötelezettségének a folytatásában látják. Egy 2008-ban készített elemzés szerint 2050-re az országban a reformátusok aránya  20 %-ra fog csökkenni, ami nyilván sok változást tesz majd szükségessé. (europa-reformata.eu – 2010-04-15 - dr. békefy-röhrig klaudia – www.reformatus.hu)