Pokoly József 1866. december 6-án született a Szabolcs vármegyei Őr településen. Középfokú tanulmányait Késmárkon és Sárospatakon végezte. Református teológiai tanulmányait a „Bodrog-parti Athén” városában 1885-ben kezdte el, majd ezeket a következő évtől Debrecenben folytatta.

Diplomájának megszerzése után, 1889-től Tisza Kálmán (1830-1902) miniszterelnök legkisebb fiának, Lajosnak a tanítását végezte nevelőként. A Tisza család birtokközpontjában, Geszten teljesített lelkészi szolgálatot 1894 tavasza és 1895 szeptembere között. Ezután 1912-ig a Kolozsvári Református Teológia Akadémián az egyháztörténet oktatója volt.

1912-től az akkor megalapított Debreceni Egyetem bölcsészeti karának tanári feladatait vállalta el. 1922-től ugyanennek az intézménynek a hittudományi karán az egyháztörténet professzori feladatát látta el, egészen az 1930-ban bekövetkezett nyugdíjazásig. A „cívis városban”  közéleti szerepet is betöltött, a debreceni Tisza István Tudományos Társaságnak az első elnöke lett.

A 20. század hajnalán számos tanulmányt közölt a magyar protestantizmus nyugat-európai kapcsolatairól. Írásai közül említésre méltó a „Melanchthon és a magyarországi reformáció”, „Az unitarismus Magyarországon”, valamint a „Bocskay István és a bécsi béke” című munkája.

Életének utolsó éveit egészségének romlása nehezítette meg. 1933. június 5-én hunyt el Hajdúsámsonban. Sírja a debreceni temetőben található.

Millisits Máté