Balogh Ferenc református családban született Nagyváradon 1836. március 30-án. A Debreceni Református Kollégiumban folytatott teológiai tanulmányai után két éven át, 1863 és 1865 között külföldön tartózkodott, ahol egyháztörténeti és dogmatikai ismereteit bővítette. Ebben az időben hitéletét belsőségesebbé tevő hatások érték Londonban valamint Edinburghban. Debrecenbe 1865-be tért vissza, ahol az egyháztörténeti tanszéknek egy évig ideiglenes, majd 1866-tól 1913-ig tanszékvezető tanára volt. A kollégium rendes tanárává történő kinevezése alkalmából 1866. november 6-án Méliusz Juhász Péterről tartott székfoglaló előadást, „Méliusz hatása" címmel.
Hat évvel később Méliusz halálának 300. évfordulója alkalmából rendezett ünnepségre Balogh Ferenc nemcsak megemlékező beszéddel, hanem saját költeménnyel is készült:
„...Nagyhosszú három század alatt magyar!
Őr szellemid közt Mélius is virraszt,
Könnyet törölve, szívét edzveAdja tanácsul a nemzedéknek:
Ha élni kívánsz a jobb napokért esengsz
Higyj annak aki életet áldozott
Érted kereszten s e nagy igét
Hirdeti „hit, szeretet, reménység".
Égő szívében forrjon a hit heve;
Tetteknek útján a szeretet vezér-
Fényét kövesd; s üdv partra érend
Üdvezítődbe vetett reményed."
A kollégiumi hitélet erősítése érdekében 1869-ben megszervezte a Hittanszék Önképző Társulatát. Írásai számos magyar egyházi és világi hetilapban és folyóiratokban jelentek meg, de ezenkívül több francia és angol nyelvű sajtótermékben is hírt adott a magyar protestantizmus életéről. A XIX. század nagy tudományos ismeretterjesztő kiadványa a Pallas Nagylexikon számára több egyháztörténeti szócikket írt. Balogh Ferenc egy évig a Debreceni Református Kollégium dékáni tisztét töltötte be.
A magyar protestantizmus számára kiemelkedő jelentőségű alkalmon ünnepi beszéd elmondását vállalta, többek között 1895-ben Debrecenben a gályarab-emlékoszlop felavatásán, valamint 1907-ben Hajdúböszörményben a Magyar Protestáns Irodalmi Társaság Bocskai-megemlékezésén, amelyet "Bocskai Istvánról, vallásszabadságunk hőséről" címmel tartott. Kálvin János születésének 400. és a genfi egyetem alapításának 350. évfordulóján 1909-ben, az ottani egyetem díszdoktorának választotta.
Balogh Ferenc életműve nemcsak mint pedagógus fontos a Debreceni Református Kollégium történetében, hanem mint az intézmény történetének „monográfusa" is alapvető munkákkal tette az iskola történetét jobban kutathatóvá. Utolsó éveit betegségei megnehezítették.
1913. október 8-án bekövetkezett halálával a magyar egyháztörténet-írás első nagy korszaka zárult le, az utána következő egyháztörténész professzorok, Pokoly József (1866-1933), majd Révész Imre (1889-1967) számos tanulmánnyal és monográfiával folytatták Balogh Ferenc munkásságát.
Balogh Ferenc élete a XX. században hosszú évtizedekig kevéssé volt ismeret a magyar reformátusok számára. Ötvös László református lelkipásztor, egyháztörténész 1997-ben kiadott „Balogh Ferenc életműve (1836-1913)" című könyvével lehetőséget teremtett a kiemelkedő református tudós munkásságának megismerésére.
Millsits Máté